Descubren más de 140.000 especies de virus en la microbiota, la mayoría desconocidos
Un nuevo ensayo con 28.000 muestras de microbioma de todo el mundo ofrece datos para investigar cómo estos microorganismos que viven en el intestino afectan a la salud. Hablamos con el director del estudio
Mientras el mundo sigue viviendo bajo el ‘paraguas’ de las mascarillas y el distanciamiento social hasta lograr la inmunización de la población con la vacuna, una realidad sorprendente e invisible se sigue dibujando gracias al estudio continuo de los científicos: la identificación y cuantificación de los microorganismos que viven en nuestro interior, en nuestro microbioma.
"Estas muestras abarcan 6 continentes y 28 países, lo que nos permitió capturar en gran medida la diversidad de los fagos humanos intestinales en todo el mundo"
Es ella la que da cobijo a los Invisibles y hasta ahora la mayor parte de ellos los grandes temidos, sobre todo con la invasión del SARS-CoV-2, microbios (bacterias, virus, hongos y protozoos), que en realidad son los verdaderos 'amos' de la Tierra, pero que también habitan dentro y sobre la superficie de nuestro cuerpo y cuyo rol es clave para el saludable desarrollo de nuestra vida.
En nuestro interior
La microbiota alberga hasta 100.000 millones de ellos. La ciencia establece que tiene el potencial de determinar la salud y la enfermedad de cada individuo, sobre todo en el campo de la inmunología. La microbiota pesa entre 1,5 y 2 kilos, y representa el 99% de todos los microorganismos que residen en el cuerpo humano. Todos ellos incluyen como mínimo 1.000 especies diferentes de bacterias que comprenden más de 3 millones de genes (150 veces más que en el genoma humano).
Pero de ella cada día sabemos un poco más, y hoy nos sorprende un nuevo estudio de 'Cell' llevado a cabo por los investigadores del Instituto Wellcome Sanger y el Instituto Europeo de Bioinformática (ambos en Reino Unido), que han identificado más de 140.000 especies virales que viven en el intestino humano, más de la mitad de las cuales nunca antes se habían visto.
Con muestras de todo el mundo
El documento contiene un análisis de más de 28.000 muestras de microbioma intestinal recogidas en diferentes partes del mundo. La cantidad y diversidad de virus que encontraron los investigadores fue sorprendentemente alta, y los datos abren nuevas vías de investigación para comprender cómo los ellos afectan desde 'nuestras propias vísceras' a la salud humana.
El intestino humano es un entorno con una biodiversidad increíble. Además de las bacterias, también viven allí cientos de miles de virus llamados bacteriófagos, que pueden infectarlas.
Se sabe que los desequilibrios en nuestro microbioma intestinal pueden contribuir a enfermedades y afecciones complejas como la enfermedad inflamatoria intestinal, las alergias y la obesidad. Pero se conoce relativamente poco sobre el papel que juegan nuestras bacterias intestinales y los bacteriófagos que las infectan en la salud y las enfermedades humanas.
Metagenómica
Utilizando un método de secuenciación de ADN llamado metagenómica, los investigadores exploraron y catalogaron la biodiversidad de las especies virales que se encuentran en 28.060 metagenomas intestinales humanos y 2.898 genomas bacterianos aislados, cultivados a partir de intestino humano.
El Dr. Alexandre Almeida, coautor del ensayo, afirma: "Es importante recordar que no todos los virus son dañinos, pero representan un componente integral del ecosistema intestinal. Por un lado, la mayoría de los virus que encontramos tienen ADN como material genético, que es diferente de los patógenos que la mayoría de la gente conoce, como el SARS-CoV-2 o el Zika, que son virus de ARN. En segundo lugar, estas muestras provienen principalmente de personas sanas que no comparten ninguna enfermedad específica. Es fascinante ver cuántas especies desconocidas viven en nuestro intestino y tratar de desentrañar el vínculo entre ellas y la salud humana".
Entre las decenas de miles de virus descubiertos, se identificó uno nuevo de alta prevalencia, un grupo de virus que se cree que tienen un ancestro común, al que los autores se refieren como Gubaphage. Se descubrió que este es el segundo grupo de virus más prevalente en el intestino humano, después del crAssphage, que se descubrió en 2014.
Ambos virus parecen infectar tipos similares de bacterias intestinales humanas, pero sin más investigación es difícil conocer las funciones exactas del Gubaphage recién encontrado.
El futuro
En declaraciones a Alimente, el Dr. Luis F. Camarillo-Guerrero, primer autor del estudio, aclara a los lectores: "Un aspecto importante de nuestro trabajo fue asegurar que los genomas virales reconstruidos fueran de la más alta calidad. Un estricto control de la misma durante el proceso junto con un enfoque de aprendizaje automático nos permitió mitigar la contaminación y obtenerlos así muy completos. Los genomas virales de alta calidad allanan el camino para comprender mejor el papel que juegan los virus en nuestro microbioma intestinal, incluido el descubrimiento de nuevos tratamientos como los antimicrobianos de origen bacteriófago".
E insiste: "En este trabajo generamos la base de datos más completa de genomas de bacteriófagos (o fagos para abreviar) del intestino humano, que alberga más de 142.000 genomas, y que denominamos la Base de Datos de Fagos del Intestino (o GPD, por sus siglas en inglés). Estos genomas proceden, como se ha mencionado anteriormente, de 28.060 muestras metagenómicas humanas. Es importante destacar que estas muestras abarcan 6 continentes y 28 países, lo que nos permitió capturar en gran medida la diversidad de los fagos humanos intestinales en todo el mundo. Por ejemplo, 280 fagos fueron detectados en al menos 5 continentes y también descubrimos que los fagos de las comunidades rurales tienden a diferir de los hallados en entornos urbanos. En particular, más de la mitad de los fagos que descubrimos fueron nuevos (>70.000 especies), lo que significativamente arroja luz a la diversidad de los virus bacterianos que habitan el intestino humano".
El Dr. Trevor Lawley, coautor de la investigación, dijo: "El estudio sobre bacteriófagos está experimentando un renacimiento. Este catálogo de alta calidad y gran escala de virus intestinales humanos llega en el momento adecuado para servir como modelo para guiar el análisis ecológico y evolutivo en futuros estudios de viromas".
